Se cree que su actual asentamiento estaba ocupado embrionariamente por un poblado talayótico con fuertes vinculaciones con el mar. Posteriormente en el 123 a. C. fue invadida por una expedición militar dirigida por el cónsul romano Quintus Caecilius Metellus, el cual envolvió sus navíos con cuero para evitar, como había ocurrido en anteriores intentos, el hundimiento de su flota por parte de los honderos baleáricos, unos de los primeros habitantes que poblaron la isla, y que la defendían de las incursiones romanas lanzando sus proyectiles a la línea de flotación de las naves a efectos de hundirlas por los desperfectos que les causaban. Cuando el archipiélago balear pasó a ser la provincia Balearica los honderos fueron reclamados por toda Roma para reforzar sus ejércitos.

En el año 903 la conquistó el general árabe Isam al-Jaulani, que contaba con la aprobación del emir de Córdoba Abd Allah y que la llamó Madina Mayurqa. De los árabes se conservan vestigios monumentales como el Palacio Real de La Almudaina, los baños árabes y la ciudad árabe enterrada bajo la ciudad actual.

El 31 de diciembre de 1229 fue conquistada por el rey Jaime I de Aragón,49​ que la dotó de una municipalidad que abarcaba toda la isla (por ello se llamó la Ciutat de Mallorca). Su especial distribución, atravesada por el torrente de la Riera, dio lugar a la Villa de Arriba y Villa de Abajo, como núcleos de población urbana situados a cada una de las orillas de la riera.

Su situación geográfica le permitió un intenso comercio con los pueblos del Magreb, las señorías italianas y los dominios del Gran Turco, que le propiciaron una edad de oro. En la Lonja se realizaba un activo mercado de contratación vigilado por el Consulado del Mar, que velaba por el respeto a la legalidad vigente en todas las transacciones comerciales.