Tras la conquista musulmana en 711, la ciudad se denominó مَدينَة شاطِبَة (madīnat Ŝāţibat, transcrito generalmente como Medina Xátiba). Durante este periodo se fortificaron los castillos y la ciudad ganó importancia como plaza fuerte. De hecho, el geógrafo al-Idrisi (siglo XII) loa la belleza y solidez de los castillos de Játiva. Perteneció primero al reino de Toledo para pasar luego al de Córdoba. Perteneció posteriormente al de Almería, el de Denia y finalmente el de Murcia. En 109416​ sirvió de refugio para las tropas almorávides derrotadas por el Cid en la batalla de Cuart. Esta vinculación con la figura del Cid hace a Játiva formar parte del denominado Camino del Cid. A comienzos del siglo XIII era cabeza de un pequeño estado musulmán dependiente de Valencia que abarcaba desde el río Júcar por el norte hasta Biar por el sur.11​ Xáteba destacó asimismo por ser la pionera de la fabricación de papel en Europa Occidental.

Tras conquistar Valencia en 1238, Jaime I puso sitio a Játiva en 1240, aunque lo levantó al llegar a una tregua con el alcaide musulmán de la ciudad. Sin embargo, problemas entre este alcaide y los castellanos, obligaron a Jaime I a intervenir militarmente de nuevo, conquistando la ciudad en 1244, al poco de firmar el tratado de Almizra con Alfonso X.11​ Al rendir la ciudad, Jaime I respetó la mezquita, que no se derribó hasta el siglo XVI. Bajo el dominio cristiano la ciudad, ya con el nombre actual de Xàtiva, se convirtió en la segunda ciudad más importante del Reino de Valencia y, si bien no alcanzó a recuperar su posición como sede episcopal, sí fue cabeza de una lugartenencia homónima.17​ La población morisca se expulsó del recinto amurallado y se redistribuyó entre las zonas rurales y el arrabal de San Juan, mientras que los judíos conservaron su judería (call) intramuros, en las proximidades del porta de Santa Tecla. El castillo y las murallas se reforzaron y ampliaron entre 1287 y 1369, adquiriendo una forma muy similar a la actual, a la vez que se mejoraba el abastecimiento de agua mediante la construcción de los acueductos de Bellús y del Agua Santa.11​ En 1347 el rey Pedro IV le concedió el título de ciudad.